สถาบันอนุญาโตตุลาการดำเนินงานตามนโยบายกำกับดูแลที่ดี ซึ่งประกอบด้วย 4 หลักการสำคัญ ได้แก่
1. นโยบายด้านรัฐ สังคมและสิ่งแวดล้อม
ดำเนินงานตามภารกิจโดยสนองตอบต่อยุทธศาสตร์ระดับชาติ และกระทรวง โดย สนองตอบต่อยุทธศาสตร์ชาติ 20 ปี(พ.ศ.2560-2579) ,เป้าหมายการพัฒนาที่ยั่งยืน (SDGs), ประเทศไทย 4.0 และยุทธศาสตร์ของกระทรวงยุติธรรม 20 ปี (พ.ศ.2560-2579)
1.1 เป้าหมายการพัฒนาที่ยั่งยืน (SDGs) ส่งเสริมให้ประชาชนเข้าถึงความยุติธรรมในรูปแบบที่ หลากหลายและทั่วถึง ยุติความขัดแย้งและสร้างความสมานฉันท์โดยการใช้กระบวนการยุติธรรมทางเลือกในรูปแบบต่าง ๆ
1.2 แผนแม่บทการบริหารงานยุติธรรมแห่งชาติ ฉบับที่ 3 (พ.ศ.2562-2565) เพื่อมุ่งส่งเสริมให้สังคมมีความปกติสุข ไม่แบ่งแยก เพื่อการพัฒนาที่ยั่งยืน มีการเข้าถึงความยุติธรรมโดยถ้วนหน้า และสร้างให้เกิดสถาบันอันเป็นที่พึ่งของส่วนรวม มีประสิทธิผลและเป็นที่ยอมรับในทุกระดับ
1.3 ยุทธศาสตร์ชาติการปรับปรุงแก้ไขกฎหมาย ระเบียบ ข้อบังคับให้มีความชัดเจน ทันสมัยและเป็นธรรม ให้สอดคล้องกับข้อบังคับสากล หรือข้อตกลงระหว่างประเทศ เพื่อการพัฒนาประเทศ บริการประชาชนและการแข่งขันระหว่างประเทศ
2. นโยบายด้านผู้รับบริการและผู้มีส่วนได้ส่วนเสีย
พัฒนาขีดความสามารถขององค์กรเพื่อสนองตองต่อภารกิจผลักดัน และ ส่งเสริมให้ประเทศไทยมีมาตรการที่เป็นมิตรต่อการระงับข้อพิพาททางเลือก (ADR friendly jurisdiction) และ ให้บริการด้านการระงับข้อพิพาททางเลือก ที่มีความเป็นอิสระ และ มีมาตรฐานสากล โดยสร้างความรับรู้เกี่ยวกับการระงับข้อพิพาททางเลือก และการให้บริการของสถาบัน
3. นโยบายด้านผู้ปฏิบัติงาน
ประกอบด้วย
3.1 นโยบายหลักเกี่ยวกับคุณภาพชีวิตของบุคลากร (Quality of work life) ดำเนินการพัฒนา คุณภาพบุคลากรอย่างครอบคลุม เพียงพอ ยุติธรรม ให้มีประสิทธิภาพคุณธรรม เพื่อรองรับความต้องการของ องค์กร ตลอดจน บริหารทรัพยากรบุคคลให้มีความโปร่งใสด้วยระบบประเมินผลเพื่อใช้ในการเลื่อนตำแหน่ง หรือโยกย้าย รวมทั้ง รักษาสิทธิ์และให้ประโยชน์แก่บุคลากรในองค์กรอย่างเท่าเทียม
3.2 นโยบายหลักเกี่ยวกับการบริหารงานบุคคลดำเนินการเพื่อให้ระบบการบริหารทรัพยากรบุคคล ของสถาบันฯ มีความทันสมัยและสอดคล้องกับการบริหารงานบุคคลของภาครัฐแนวใหม่
4. นโยบายด้านองค์กร
สถาบันอนุญาโตตุลาการ ดำเนินงานภายใต้การกำกับดูแลคณะกรรมการสถาบัน ทำหน้าที่กำกับดูแลการดำเนินงานของสถาบัน ตัดสินใจและกำหนดนโยบายให้สอดคล้องกับนโยบายรัฐ โดยกำหนดกรอบแนวทางเพื่อดำเนินงาน ด้านระบบการบริหารจัดการตามหลักธรรมภิบาล ด้านแผนงานโดย ทบทวน หรือให้ความเห็นชอบแผนยุทธศาสตร์และแผนปฏิบัติงานประจำปีด้านติดตามและทบทวนความ เพียงพอของระบบงานที่สำคัญ ตลอดจนการเปิดเผยข้อมูลและสารสนเทศที่สำคัญ